原作：つくも匠・RADIX企画室
2004年1月から3月に続編にあたるセカンドシリーズの『みさきクロニクルダイバージェンス・イヴ』がそれぞれUHFアニメ（アニメ魂内）として放送された。
ウォッチャーズ・ネストの居住リングごと長距離ワープさせる“エクソダス・プロジェクト”。それにより、ヴェルンスやライアー達ウォッチャーズ・ネストのクルーは地球圏への脱出に成功する。しかし、そこには、グールとの最終決戦に臨んでいたみさきの姿はなく、眼前の地球は“時間障壁”に覆われた世界へと変貌していた。時空の迷宮から抜け出すべく、クルー達は脱出の方法を模索し続ける。
その一環として、ライアーは原因究明のため、時間障壁に覆われた地球へ降下することになる。幾つも現われる“今”とは異なる時間軸の世界に降り立ったライアー。そんな彼女の前に、行方不明になっていたはずのみさきが様々な姿で現れる……。
みさきクロニクルダイバージェンス・イヴ
OP主題歌『×○×○×○（キスキスキス）』作詞/作曲：都田和志、編曲：芳賀洋介、歌：長澤奈央
ED主題歌『SORA』作詞/作曲：都田和志、編曲：芳賀洋介、歌：長澤奈央
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